法院丢失罚金存根，可申请法院出具证明并拍照存留。依据《中华人民共和国刑事诉讼法》等相关法律，罚金存根是重要法律凭证，丢失应及时处理，否则可能影响案件执行及罪犯权益，造成不良后果。
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罚金存根丢失，应这样处理：1.立即联系法院，说明情况，申请出具罚金缴纳证明，并拍照或复印存留，确保有法律凭证。2.若法院无法立即提供证明，可要求法院查询存档记录，确认罚金缴纳情况，并据此申请补发或复印存根。3.若法院无法查询到存档记录，应咨询专业律师，通过法律途径解决，确保自身权益不受损害。
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法院丢失罚金存根，常见处理方式为申请法院补发证明或复印存根。选择时，若原存根可复原或法院能确认缴纳情况，则申请证明；若无法复原，则考虑复印或拍照存留，确保法律凭证完整。